Il Togakure non ha una data ufficiale di formazione come altre arti marziali Ryu-Ha. Il primo Sokè fu Daisuke e suo fratello Rokosuke il suo primo studente e Shina Minamoto (che lavorò e studiò con Daisuke). Togakure Goro è riconosciuto come essere la persona che ufficialmente formò la famiglia del Togakure nel sistema del Ninjutsu che oggi conosciamo. E' possibile che Togakure Goro fu conosciuto anche come Shima e anche come Togakure Daisuke II. Egli potrebbe avere preso il suo nome quando era il leder della scuola, oppure per rispetto a Daisuke dopo la sua morte.

Si sarà notato che l'11°, il 12° ed il 13° Soke del Ryu, hanno il nome finale di una principale città di Iga: "Ueno". Questa è una tradizione del passato, cioè quella di assumere il nome della città o del villaggio di origine. Ueno è una città principale dei giorni nostri nella prefettura di Mei (provincia di Iga). Questo è la storica casa dei Ninja. Ueno rimane a nord di Iga.

Soke Hatsumi riferisce che il Togakure Ryu operò fuori della provincia centro-sud di Iga. Così è possibile che il Togakure Ryu possa essere stato coinvolto nella difesa di Iga nel 1581. Fu durante il 1600 circa che la scuola si rasferì, e fu insegnato l'Hattori Ryu, a dei Ninja e Samurai del Kishu.
Intorno a questo periodo la famiglia scomparì ed il capo della branca Togakure Ryu, i Toda, presero il controllo.

Parte della famiglia Toda fu anteriormente Soke del Kumogakure Ryu di Ninjutsu. E' possibile, perciò che i Toda che venivano dal Kumogakure Ryu abbiano amalgamato i due Ryu.
Fu anche, in questo periodo che il Gyokushin Ryu, il Koto Ryu, e il Gyokko Ryu si unirono sotto la bandiera del Togakure Ryu (apposs. 1624).

Il 32° Soke, Toda Shinryuken Masamitsu fu anche maestro del Bikenshin Ryu.

Egli è stato un grande spadaccino ed insegnante. Nella metà del 1800 fu il capo istruttori dei Tokugawa Kobusho del governo (scuola militare) a Kyoto, dove si stabilì nel febbraio del 1855. Nella scuola gli diedero il nome di "Hiken" (spada segreta) Shinryuken.

Takamatsu Toshitsugu, 33° Soke del Togakure Ryu, fu l'ultimo membro della famiglia Toda (Shinriuken era suo nonno).

Il Godan test (esame per 5° Dan) della Bujinkan appare nel Makimono (pergamene) del Togakure Ryu.

Le tecniche e l'abilità del Togakure Ryu ebbero influenza nelle scuole Ninja sia di Iga che di Koga. Si dice che le tecniche del Kumogakure Ryu sono quasi identiche a quelle del Togakure Ryu.

Nel Togakure Ryu Ninja venivano richiesti le seguenti forme di Bujutsu (Arti Marziali):

  1) Taijutsu                           Combattimento disarmato
  2) Kempo / Ninja Ken                  Abilità con la spada
  3) Bojutsu                            Combattimento col bastone
  4) Shirukenjutsu                      Lancio delle lame
  5) Kusarigama                         Falce con catena
  6) Yari                               Lancia
  7) Naginata                           Lancia
  8) Bajutsu                            Abilità nel cavalcare
  9) Suiren                             Abilità nel nuoto
 10) Kayaku-jutsu                       Armi da fuoco
 11) Bo Ryaku                           Strategia
 12) Cho ho                             Spionaggio
 13) Shinobi Iri                        Infiltrazione
 14) Inton Jutsu                        Abilità alla menzogna
 15) Henso Jutsu                  
 16) Tenmon                             Metereologia
 17) Chimon                             Geografia
 18) Seishin teki kyoyo                 Rifiniture spirituali

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